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本作品舞臺設定于前作一萬二千年后的世界。作為普通市民的阿瑪塔?空，在播放《Aquaria舞動于空》的戲院中遇到看一次就迷上電影的御子乃?鈴白，二人后來亦因為這個話題而開始到城中閑逛。這時候，Altair界向他們生活的城鎮進行兩年來幾乎沒有停過的攻擊，不同的是今次出現了新型Abductor，令人類一方——由圣天使學園學生操控的機械天使Aquaria沒法招架。戰火很快波及到剛剛認識的二人，阿瑪塔在危急關頭使用身體潛在的Element能力飛走，卻又突然被Aquaria系統選中為Vector Z駕駛員……終焉所引